Η σύσταση και η λειτουργία του «Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας» προβλέπεται από το Π.Δ. 432/1981 (ΦΕΚ 118/Α/5.5.1981), όπως αυτό τροποποιήθηκε και επεκτάθηκε από την Απόφαση Β1/819/20.12.1988 των Υπουργών Οικονομικών, Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων και Βιομηχανίας-Ενέργειας-Τεχνολογίας (ΦΕΚ 920/Β/21.12.1988). Εν συνεχεία, η παραπάνω απόφαση Β1/819 τροποποιήθηκε και αντικαταστάθηκε από την Απόφαση ΚΑ/679/22.8.1996 των Υπουργών Οικονομικών και Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων (ΦΕΚ 826/Β/10.9.1996).

Το Πανεπιστήμιο Πελοποννήσου ιδρύθηκε με το Π.Δ. 13/2000 (ΦΕΚ 12/Α/1.2.2000).

Ο Ειδικός Λογαριασμός Κονδυλίων Έρευνας του Πανεπιστημίου Πελοποννήσου στα πλαίσια των αρμοδιοτήτων του ακολουθεί την Εθνική νομοθεσία και Ευρωπαϊκό νομοθετικό πλαίσιο, δηλ. για θέματα όπως π.χ. φορολογικά, λογιστικά ασφαλιστικά, εργασιακά, προμήθειες, κλπ.