Η σύσταση και η λειτουργία του «Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας» προβλέπεται από το Π.Δ. 432/1981 (ΦΕΚ 118/Α/5.5.1981), όπως αυτό τροποποιήθηκε και επεκτάθηκε από την Απόφαση Β1/819/20.12.1988 των Υπουργών Οικονομικών, Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων και Βιομηχανίας-Ενέργειας-Τεχνολογίας (ΦΕΚ 920/Β/21.12.1988).

Η ανωτέρω Απόφαση Β1/819 τροποποιήθηκε και αντικαταστάθηκε από την Απόφαση ΚΑ/679/22.8.1996 των Υπουργών Οικονομικών και Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων (ΦΕΚ 826/Β/10.9.1996).

Το Πανεπιστήμιο Πελοποννήσου ιδρύθηκε με το Π.Δ. 13/2000 (ΦΕΚ 12/Α/1.2.2000).

Ο Ειδικός Λογαριασμός Κονδυλίων Έρευνας του Πανεπιστημίου Πελοποννήσου, στο πλαίσιο των αρμοδιοτήτων του, λειτουργεί σύμφωνα με το ισχύον εθνικό και ευρωπαϊκό νομοθετικό και κανονιστικό πλαίσιο. Ειδικότερα, εφαρμόζει τις εκάστοτε ισχύουσες διατάξεις που διέπουν, μεταξύ άλλων, φορολογικά, λογιστικά, ασφαλιστικά και εργασιακά ζητήματα, καθώς και θέματα προμηθειών και εν γένει οικονομικής διαχείρισης.

Η λειτουργία του ΕΛΚΕ διέπεται, συνεπώς, από το σύνολο των εκάστοτε εφαρμοστέων εθνικών και ευρωπαϊκών διατάξεων, καθώς και από το ειδικό θεσμικό και κανονιστικό πλαίσιο που διέπει τη λειτουργία των Ειδικών Λογαριασμών Κονδυλίων Έρευνας των Ανώτατων Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων.